QuasiRecomb

Descrizione

QuasiRecomb è un'applicazione leggera che viene eseguita nella console dei comandi, simulando un modello Markov per la generazione di Quasispecie virali. Descrive la generazione delle quasispecie virali e un metodo per dedurne i parametri analizzando i dati di sequenziamento della prossima generazione. Il modello è validato su dati simulati, mostrando il vantaggio di prendere esplicitamente in considerazione il processo di ricombinazione, e testato applicandolo a letture ottenute da campioni sperimentali di HIV. Offre un'implementazione dell'algoritmo EM per trovare stime massime a posteriori dei parametri del modello e un metodo per stimare la distribuzione dei ceppi virali nelle quasispecie.