GenoSuite

Descrizione

GenoSuite è un framework sviluppato per l'analisi proteogenomica. La strategia basata su FDRScore viene utilizzata per integrare i risultati di più algoritmi di ricerca. Prokaryotic Proteogenomic Tool (PPT) è sviluppato come parte del framework GenoSuite. PPT serve per trovare nuove traduzioni nei genomi procariotici e dipende dai dati di proteomica basati sulla spettrometria di massa e dalla relativa sequenza del genoma. Le caratteristiche includono la configurazione di 4 algoritmi open source per eseguire la ricerca nel database per l'identificazione dei peptidi e qualsiasi combinazione dei 4 algoritmi può essere scelta, elenca i peptidi specifici per la ricerca del genoma (peptidi novelli), è possibile visualizzare corrispondenze spettrali per la valutazione della qualità, elencare le nuove proteine ​​e i cambiamenti nelle annotazioni proteiche esistenti e possono anche essere generati un contesto genomico visivo dei nuovi peptidi.