RightField

Descrizione

RightField può specificare un intervallo di termini consentiti da un'ontologia scelta (sottoclassi, individui o combinazioni) per ciascun campo di annotazione. Il foglio di calcolo risultante presenta questi termini agli utenti come un semplice elenco a discesa. Ciò riduce la barriera di adozione per l'utilizzo delle ontologie di comunità poiché l'annotazione viene effettuata dallo scienziato che ha generato i dati anziché da una terza parte e l'annotazione viene raccolta al momento della raccolta dei dati.

RightField è un'applicazione Java standalone che utilizza Apache-POI per interagire con i documenti Microsoft. Consente agli utenti di importare fogli di calcolo Excel o di generarne di nuovi da zero. Le ontologie possono essere importate dai loro file system locali o dal repository di ontologie di BioPortal. È possibile contrassegnare singole celle o intere colonne o righe con gli intervalli richiesti di termini di ontologie e un singolo foglio di calcolo può essere annotato con termini di più ontologie.

Una volta contrassegnato e salvato, il foglio di calcolo abilitato per RightField contiene fogli "nascosti" con informazioni relative alle origini e alle versioni delle ontologie utilizzate nell'annotazione. Queste informazioni sulla provenienza sono importanti in caso di future modifiche dell'ontologia, che potrebbero deprecare valori già scelti o aggiungere opzioni più dettagliate e una rapida riannotazione. RightField è inteso come strumento di amministratore. Aumenta i fogli di calcolo che potrebbero già essere conformi a modelli specifici per standardizzare ulteriormente la terminologia.