GATE

Descrizione

GATE (Grid Analysis of Time-Series Expression) è una piattaforma software computazionale integrata per l'analisi e la visualizzazione di serie temporali biomolecolari ad alta dimensione. GATE utilizza un algoritmo di clustering basato sulla correlazione per disporre le serie temporali molecolari su una matrice esagonale bidimensionale e colora dinamicamente i singoli esagoni in base al livello di espressione della componente molecolare a cui sono assegnati, per creare filmati animati di sistemi molecolari a livello di sistema dinamiche normative. Al fine di dedurre potenziali meccanismi di controllo normativo da modelli di correlazione, GATE consente anche l'interrogazione interattiva di filmati rispetto a un'ampia varietà di set di dati di conoscenza precedente. I filmati GATE possono essere messi in pausa e sono interattivi, consentendo agli utenti di ricostruire reti ed eseguire analisi di arricchimento funzionale. I filmati creati con GATE possono essere salvati in formato Flash e inseriti direttamente in file di manoscritti PDF come figure interattive.