FlexS

Descrizione

FlexS prevede la conformazione e l'orientamento di uno dei ligandi rispetto all'altro. In FlexS si presume che il ligando di riferimento sia rigido, quindi dovrebbe essere dato in una conformazione simile allo stato legato. L'algoritmo di sovrapposizione in FlexS richiede solo un piccolo intervento manuale. Puoi integrare questa conoscenza nei calcoli con FlexS eseguendo manualmente i singoli passaggi. Pertanto, FlexS è progettato per il lavoro interattivo su coppie di ligandi e per lo screening virtuale basato su ligandi. Le due principali applicazioni di FlexS sono il superposizionamento di ligandi (ad es. per CoMFA/QSAR) e lo screening virtuale. Se hai una proteina e una piccola molecola che si legano ad essa (il cosiddetto ligando di riferimento) ma nessuna struttura della proteina, puoi prendere la struttura di riferimento come un'impronta digitale negativa del sito attivo. FlexS determina la somiglianza tra il test e la struttura di riferimento allineandoli. Nello screening virtuale, hai un ligando di riferimento e una serie di composti e sei interessato a dare la priorità ai composti per i test sperimentali.