RAPTOR

Descrizione

RAPTOR è un software innovativo progettato per una previsione accurata della struttura delle proteine. Combina strumenti di analisi avanzati in un'unica soluzione software integrata e fornisce tre diversi metodi di threading. L'esclusivo approccio di ottimizzazione della programmazione intera di RAPTOR è più efficace per trovare modelli di struttura di target con bassa omologia di sequenza ed è in grado di generare modelli di alta qualità. L'interfaccia di facile utilizzo e i valori E di facile comprensione sono ideali per principianti ed esperti. Soprattutto, la visualizzazione intuitiva dell'output consente agli utenti di comprendere i risultati semplicemente a colpo d'occhio. Data una sequenza di proteine ​​bersaglio, se esiste una proteina omologa con struttura 3D nota, può essere trovata utilizzando strumenti di ricerca in sequenza come PSI-BLAST, fornito anche in RAPTOR. La struttura del bersaglio viene quindi costruita dalla struttura nota; tuttavia, quando l'omologia della sequenza non è significativa, cioè inferiore al 25%, PSI-BLAST non può ottenere un successo sicuro. A differenza di PSI-BLAST, che esegue semplicemente una ricerca di sequenze, il threading delle proteine, il riconoscimento delle pieghe, fa uso sia dell'omologia che delle informazioni sulla struttura. Esegue la scansione della sequenza proteica con una struttura sconosciuta contro un database di strutture note. Utilizzando una funzione di punteggio e conducendo analisi di compatibilità tra strutture tridimensionali e sequenze proteiche lineari, sarà identificato il miglior modello strutturale da cui costruire la struttura della sequenza. Di conseguenza, il threading proteico fornisce una previsione superiore rispetto alla modellazione dell'omologia quando c'è un'omologia di sequenza marginale.