ZOOM Lite

Descrizione

ZOOM Lite è un software di mappatura e visualizzazione dei dati di sequenziamento di nuova generazione. Gli utenti inseriscono i genomi di riferimento ei file di letture brevi Illumina/Solexa o lo spazio colore AB SOLiD legge i file in vari formati, come * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta ecc. ZOOM restituisce i risultati della mappatura di questi brevi legge sulla sequenza di riferimento. ZOOM Lite ha un kernel di mappatura veloce e accurato basato su una teoria dei semi a spaziatura multipla di nuova concezione. È possibile gestire letture single-end e paired-end di varie lunghezze da 15 bp a 240 bp. Sono consentiti un numero qualsiasi di mancate corrispondenze e un inserimento/cancellazione di varie lunghezze tra la lettura e la sua regione target sulla sequenza di riferimento. I risultati mappati in modo univoco oi migliori (primi N) risultati per ciascuna lettura verranno riportati in base alle discrepanze minime e alla lunghezza di indel. I punteggi di qualità vengono utilizzati per migliorare la precisione della mappatura. Basato sul kernel di mappatura, ZOOM Lite consente agli utenti di caricare dati di lettura locale e dati della sequenza di riferimento, selezionare i parametri appropriati, elaborare dati ad alto volume in parallelo tra un massimo di quattro CPU, monitorare le attività in esecuzione, memorizzare i risultati della mappatura, visualizzare i grafici di risultati della mappatura e risultati della mappatura in uscita nei formati di file * .BED o * .GFF per ulteriori rilevamenti con le informazioni sulle tracce del browser UCSC. I risultati della mappatura possono essere visualizzati in qualsiasi scala desiderata, dal grafico della profondità di lettura su un intero cromosoma agli allineamenti dettagliati della sequenza tra le letture e la sequenza di riferimento. Gli utenti navigano facilmente nelle regioni di interesse semplicemente facendo clic e trascinando o scorrendo. ZOOM Lite è un derivato del software ZOOM Studio.